A Doença de Crohn pode afetar qualquer parte do trato gastrintestinal, desde a boca até o ânus, observando-se que em 75% dos pacientes com doença do intestino delgado, o íleo terminal é acometido em 90% dos casos. Contudo, o reto é frequentemente poupado na Doença de Crohn.

Na Doença de Crohn, devido à ileocolite, pode ser palpada uma massa inflamatória no quadrante inferior direito do abdome, formada pelo intestino inflamado, induração do mesentério e linfonodos abdominais aumentados.

Os pseudopólipos são comuns na Doença de Crohn e incomuns na retocolite ulcerativa. Nesse mesmo sentido, as fístulas e estenoses também são comuns na Doença de Crohn e raras na retocolite ulcerativa.

O anticorpo anticitoplasma de neutrófilo perinuclear (p-ANCA) está presente em até 75% dos casos de retocolite ulcerativa e em até 28% dos casos de doença de Crohn.

Nos casos de retocolite ulcerativa, é possível a ocorrência de manifestações extraintestinais que podem ou não ter relação com atividade de doença intestinal, como, por exemplo: artralgia/artrites, eritema nodoso, episclerite e uveíte.