Embora seja especialmente projetado para tratar equações exatamente identificadas, também pode ser aplicado a equações superidentificadas.

Pode ser aplicado a uma equação individual no sistema, sem levar diretamente em conta as demais equações; por este motivo, para resolver modelos econométricos com grande número de equações, o MQ2E tem a vantagem de ser um método econômico.

Se os valores de R² nas regressões na forma reduzida forem baixos, as estimativas do MQO clássico e do MQ2E serão muito próximas; contudo, se os valores de R² forem altos, as estimativas por MQ2E não farão sentido.

Se as variáveis exógenas forem constantes em amostras repetidas e se os termos de erro forem independentes e igualmente distribuídos, então, a distribuição amostral dos estimadores de coeficientes do MQ2E se aproximam da normal, independentemente do tamanho da amostra.

O MQ2E oferece múltiplas estimativas dos parâmetros nas equações superidentificadas, ao contrário do método MQO, que oferece apenas uma estimativa por parâmetro.