Cabe aos municípios financiar o Subsistema de Atenção à Saúde Indígena com participação de outras instituições governamentais e não governamentais, que poderão atuar complementarmente no custeio e na execução das ações.

O Subsistema de Atenção à Saúde Indígena segue os mesmos princípios do SUS, devendo ser centralizado, hierarquizado e regionalizado.

As populações indígenas não terão direito a participar dos organismos colegiados de formulação, acompanhamento e avaliação das políticas de saúde, tais como o Conselho Nacional de Saúde e os Conselhos Estaduais e Municipais de Saúde, quando for o caso.

Dever-se-á obrigatoriamente levar em consideração a realidade local e as especificidades da cultura dos povos indígenas e o modelo a ser adotado para a atenção à saúde indígena, que se deve pautar por uma abordagem diferenciada e global, contemplando aspectos como a demarcação de terras e integração institucional entre outros.

O Subsistema de Atenção à Saúde Indígena substituirá os Distritos Sanitários Especiais Indígenas.