O controle neural da deglutição envolve fibras motoras eferentes e aferentes dos nervos cranianos, cérebro, mesencéfalo e cerebelo e tronco encefálico.

O centro da deglutição corresponde a uma organização complexa de elementos neurais do córtex cerebral e do tronco encefálico.

No tronco cerebral, é representada pelo grupo de neurônios localizados na região dorsal do bulbo, junto ao núcleo do trato solitário e grupo de neurônios da região ventral, situados no núcleo ambíguo.

As fibras nervosas aferentes, através dos axônios sensoriais dos nervos glossofaríngeo (IX), vago (X), especialmente ramo laríngeo inferior, facial (VII) e trigêmeo (V), trazem as informações provenientes da cavidade oral, faringe, laringe e esôfago e conduzem-nas até o núcleo do trato solitário.

Os principais nervos relacionados com a deglutição são: trigêmeo (V par craniano), facial (VII par craniano), glossofaríngeo (IX par craniano), vago (X par craniano) e hipoglosso (XII par craniano).