Outro problema oriundo dos fracionamentos de floresta é o isolamento das “ilhas de fragmentos”. Uma proposta para aliviar o efeito dos isolamentos desses micro-habitats são os corredores ecológicos ou corredores de biodiversidade, cuja função é conectar essas frações, possibilitando o fluxo de animais entre as “ilhas”.

Nas paisagens fragmentadas, além da perda da biodiversidade, ocorre também diminuição dos biomas, quebras dos fluxos ecológicos, mudanças na mortalidade e natalidade de espécies, alteração na polinização, especiação, competição, predação, mutualismo, perda da variedade genética e por fim, a extinção das espécies.

Um efeito da fragmentação da paisagem é a criação de manchas isoladas ao redor de ambientes não florestais ou “matriz inter-habitat”, nos quais, as bordas desses fragmentos, por estarem expostas a alterações bióticas, abióticas e ecológicas, diferem das matas interiores dos fracionamentos florestais, pois ficam expostas a inúmeros fatores de estresse como aumento da insolação, vento e umidade.

Outro fator do efeito de borda, além da mudança do microclima, é a eliminação da vegetação típica da mata. Com isto, plantas exóticas conseguem se estabelecer nas bordas, disputando por recursos com os indivíduos característicos do habitat, modificando a densidade das plantas. Com o estabelecimento maior das exóticas, animais não típicos conseguem se adaptar nessas bordas competindo, com outros, e eliminando e/ou predando organismos, até então, nativos do local.

Para habitats fragmentados, o efeito de borda pode ser considerado como um dos principais fatores que afetam populações vegetais e animais. Três tipos principais deste efeito podem ser reconhecidos: os abióticos (aumento dos ventos, variação na temperatura, etc.); os biológicos diretos (herbívora, predação, parasitismo, dispersão e polinização); e os biológicos indiretos (aumento da densidade de indivíduos devido à maior produtividade primária causada pelos altos níveis de radiação solar).