O HDL (high density lipoprotein) contém em sua camada externa as apoproteínas AI e AII enquanto o VLDL (very low density lipoprotein) exibe as apoproteínas CI, CII, CIII, E e B48.

Na interação entre os Quilomícrons (QM) e HDL, os QM adquirem a apo-CIII e sofrem a ação da lipoproteína hepática. Os remanescentes desse processo, agora ricos em colesterol, são removidos pelo fígado.

A enzima CETP (cholesteryl ester transfer protein) transfere triglicerídeos do HDL para LDL, IDL e VLDL.

A lipoproteína (a) tem estrutura semelhante à do LDL (diferencia-se pela presença de apob48 no LDL). Assemelha-se também ao plasminogênio e pode ser considerada um fator de risco cardiovascular independente. Essa lipoproteína sofre bastante influência ambiental.

A deficiência da LCAT cursa com níveis reduzidos de HDL e aumento dos níveis de LDL.