O microscópio de campo luminoso é o mais empregado em microbiologia de rotina, e consiste em duas séries de lentes (lente objetiva e lente ocular), que funcionam em conjunto na resolução de imagens.

O microscópio de contraste de fase foi desenvolvido para aumentar as diferenças de contraste entre as células e o melo ao redor, possibilitando que as células vivas sejam vistas sem que precisem ser coradas.

O principal uso da microscopia de fluorescência é na técnica de diagnóstico chamada técnica do anticorpo fluorescente (FA, do inglês fluorescent-antibody) ou imunofluorescência.

Em geral, o microscópio eletrônico de transmissão tem menor poder de resolução do que o microscópio eletrônico de varredura, mas é útil ao fornecer imagens tridimensionais da superfície dos materiais microscópicos.

Os microscópios de interferência diferencial de contraste (DIC, do inglês differential lnterference contrast) utilizam um polarizador para produzir luz polarizada.