Os pacientes da forma atípica podem apresentar manifestações isoladas como por exemplo baixa estatura, osteoporose, hipoplasia do esmalte dentário, artralgias ou artrites, constipação intestinal refratária ao tratamento.

Na forma atípica pode haver diminuição do tecido celular subcutâneo e atrofia da musculatura glútea.

O quadro mono ou oligossintomático, em que as manifestações digestivas estão ausentes ou ocupam um segundo plano é observado na dermatite herpetiforme.

A doença celíaca da pele caracteriza-se por alterações sorológicas e histológicas da mucosa do intestino delgado compatíveis com doença celíaca na ausência de manifestações clínicas.