A infecção pelo HPV apresenta-se na maioria das vezes de forma sintomática, com lesões clínicas características, visíveis ao exame clínico, aplicação de reagentes e através da colposcopia.

No estágio inicial da doença, os principais sintomas são sangramento vaginal (espontâneo, após o coito ou esforço), leucorreia e dor pélvica, que podem estar associados com queixas urinárias ou intestinais nos casos avançados.

Ao exame especular podem ser evidenciados sangramento, tumoração, ulceração e necrose no colo do útero.

Na maioria das vezes a infecção cervical pelo HPV é permanente e não regride espontaneamente, podendo durar entre um ano a três anos após a exposição.