As complicações incluem pneumonite de células gigantes, infecção bacteriana secundária do trato respiratório e distúrbios do SNC.

A encefalite de corpos de inclusão do sarampo (ECIS) e a panencefalite esclerosante subaguda (PEES) ocorrem meses ou anos após a infecção aguda e são causadas por infecção persistente pelo vírus do sarampo.

A encefalite pós-sarampo ocorre meses ou anos após o aparecimento do exantema em ~1 de cada 1000 casos e caracteriza-se por febre, convulsões e várias anormalidades neurológicas.

A ECIS é uma complicação fatal que acomete primariamente pacientes com deficiência na imunidade celular.