Cabe à Secretaria da Saúde a proposição de políticas, a participação no cofinanciamento, a cooperação técnica, a avaliação, a regulação, o controle e a fiscalização, além da mediação de conflitos.

A Comissão Intergestores Tripartite são instâncias de pactuação e deliberação para a realização dos pactos intraestaduais e a definição de modelos organizacionais, com base nas diretrizes e normas pactuadas nas Comissões Intergestores Bipartite.

As Comissões Intergestores Bipartite e a Secretaria da Saúde promoverão e apoiarão o processo de qualificação permanente para a Comissão Intergestores Tripartite.

As deliberações das Comissões Intergestores Bipartite e Tripartite devem ser por consenso.