No dot/blot uma ou múltiplas amostras são imobilizadas em uma membrana de nitrocelulose ou nylon, e a interpretação é relativamente simples. Uma limitação desse tipo de ensaio é que não pode ser quantitativo.

As hibridizações Southern e Northern combinam uma separação eletroforética do ácido nucleico em teste à transferência para um suporte sólido e subsequente hibridização, o que permite determinar o peso molecular das amostras.

Nos ensaios de hibridização em fase líquida, tanto a amostra quanto a sonda interagem em uma solução que maximiza a cinética da reação, mas esse formato não permite quantificar o produto da hibridização.

Os ensaios de hibridização em fase sólida permitem uma grande gama de variações, todas com uma cinética mais rápida e uma maior extensão de reação do que aquelas que ocorrem nos meios líquidos.

Os microarranjos podem ser considerados uma variação dos formatos Southern e Northern sendo aplicados apenas para detecção e quantificação de oligonucleotídeos, mas não para cDNA ou RNA.