Na gastrosquise, malrotação intestinal é um achado ocasional, ao contrário das onfaloceles, que podem ocorrer em mais de 50% dos casos.

Na onfalocele, o defeito da parede abdominal é maior que 5 cm e está associado à presença de uma membrana que protege as alças intestinais.

Na gastrosquise, a associação com anomalias cardíacas é comum, ocorrendo em mais de 90% dos casos.

Na onfalocele, as anomalias intestinais são muito comuns, mas nunca ocorre herniação hepática.

Na onfalocele, os recém-nascidos são comumente primogênitos, pequenos, pré-termos, filhos de mães muito jovens, diabéticas e com história familiar de outras malformações intestinais e urológicas.