Os microrganismos predominantes no trato respiratório superior, sobretudo na faringe, consistem em Streptococcus beta hemolítico, Neisserias e algumas espécies de Peptostreptoscocus.

A microbiota do nariz consiste em corinebactérias, Stafilococcus e Streptococcus.

A mucosa da boca é colonizada por Streptococcus viridans, Candida e Staphilococcus epidermides.

As espécies de Actinomyces normalmente estão presentes nas papilas linguais.

Observa-se também Klebsiella rhinoscleromatis na mucosa nasal e rinofaringe.