Os métodos baseados no estudo de DNA para detectar marcadores genéticos somente poderão ser realizados quando as células forem obtidas de sangue total ou de tecidos frescos.

Os métodos de estudo do polimorfismo de DNA detectam mudanças nos padrões observados nos fragmentos VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) obtidos de micro-satélites em vários cromossomos.

Um dos tipos de marcadores genéticos mais utilizados para determinação de paternidade é o VNTR. Testes para esses marcadores dependem da extração de DNA degradado e de baixo peso molecular.

A seleção dos loci de DNA para testes de paternidade utilizando PCR deve seguir critérios, entre os quais o de que a seqüência de gene deve ser demonstrada por estudos familiares para seguir a herança mendeliana e ter alto grau de mutação e/ou recombinação.

Um dos principais problemas para um laboratório que utiliza testes que estudam o polimorfismo em fragmentos de DNA para a determinação de paternidade é o tamanho dos alelos observados (bandas).