Mutismo seletivo. No mutismo seletivo, o desenvolvimento precoce sempre é acometido. A criança afetada raramente exibe habilidades comunicacionais apropriadas em alguns contextos e locais. Mesmo nos contextos em que a criança é muda, a reciprocidade social se mostra prejudicada e estão presentes padrões de comportamento restritivos ou repetitivos.

Síndrome de Rett. Uma ruptura da interação social pode ser observada durante a fase regressiva da síndrome de Rett (em geral, entre 1 e 4 anos de idade); assim, uma proporção substancial das meninas afetadas pode ter uma apresentação que preenche critérios diagnósticos para transtorno do espectro autista. Depois desse período, no entanto, a maioria dos indivíduos com síndrome de Rett melhora as habilidades de comunicação social, e as características autistas não são mais grande foco de preocupação.

Transtornos da linguagem e transtorno da comunicação social (pragmática). Em algumas formas de transtorno da linguagem, pode haver problemas de comunicação e amplas dificuldades sociais secundárias. O transtorno específico da linguagem costuma estar associado a comunicação não verbal anormal e à presença de padrões restritos e repetitivos de comportamento, interesses ou atividades.

Deficiência intelectual (transtorno do desenvolvimento intelectual) sem transtorno do espectro autista. É relativamente fácil diferenciar deficiência intelectual sem transtorno do espectro autista de transtorno do espectro autista em crianças muito jovens. Indivíduos com deficiência intelectual que desenvolveram habilidades linguísticas e simbólicas representam um desafio para o diagnóstico diferencial, uma vez que comportamentos repetitivos frequentemente também ocorrem em tais indivíduos. Um diagnóstico de transtorno do espectro autista em uma pessoa com deficiência intelectual é adequado quando a comunicação e a interação sociais não estão significativamente prejudicadas em relação ao nível de desenvolvimento de suas habilidades não verbais (p. ex., habilidades motoras finas, solução de problemas não verbais). Diferentemente, a deficiência intelectual é o diagnóstico apropriado quando há discrepância aparente entre o nível das habilidades de comunicação social e outras habilidades intelectuais.

Transtorno do movimento estereotipado. Estereotipias motoras não fazem parte das características diagnósticas do transtorno do espectro autista, de modo que um diagnóstico adicional de transtorno do movimento estereotipado deve ser feito quando tais comportamentos repetitivos são mais bem explicados pela presença do transtorno do espectro autista. Entretanto, se as estereotipias causam autolesão e se tornam um foco do tratamento deve-se optar por um diagnóstico apenas e priorizar o tratamento.