Atualmente alguns patógenos periodontais, denominados “patógenos-chave”, são capazes de fugir da resposta do hospedeiro e mediar a conversão de toda a comunidade microbiana para a disbiose, o que contribui para o processo de destruição periodontal. O principal patógeno-chave é o Aggregatibacter actinomycetemcomitans (A.a.).

A administração sistêmica de antibióticos mitiga algumas limitações da administração local e atualmente pode ser considerada como forma isolada de tratamento periodontal, principalmente em pacientes com limitações de movimentos.

Considerando a patobiologia da periodontite e a das infecções clássicas e as evidências, que demostraram que um patógeno específico é efetivamente reduzido por uma combinação específica de antibióticos, foi validado o tratamento da periodontite com a prescrição de uma combinação de antibióticos, sem a necessidade de ação mecânica em todos os casos.

Estudos que avaliaram o tratamento mecânico realizado de forma isolada demonstraram superioridade em relação à combinação da RAR com antibióticos sistêmicos, o que também reduz os efeitos indesejáveis da terapia antimicrobiana sistêmica (como a resistência, por exemplo).

Todos os microrganismos aeróbios são intrinsecamente resistentes ao metronidazol, porém este, quando associado à amoxicilina, pode levar a melhorias nos parâmetros clínicos não somente devido à redução do A.a., mas também devido a uma mudança benéfica mais ampla na composição da microbiota subgengival.