O inquérito é iniciado mediante portaria por decisão do Superior Tribunal de Justiça.

Compete à polícia judiciária militar apurar os crimes militares, bem como os que, por lei especial, estão sujeitos à jurisdição militar, e sua autoria.

Para verificar a possibilidade de haver sido a infração praticada de determinado modo, o encarregado do inquérito poderá proceder à reprodução simulada dos fatos, ainda que ela atente contra a hierarquia ou a disciplina militar.

O inquérito é sigiloso, e seu encarregado não pode permitir que dele tome conhecimento o advogado do indiciado.