Denomina-se tratamento anaeróbio o sistema em que diversos grupos de microrganismos trabalham interativamente na conversão da matéria orgânica complexa em metano, gás carbônico, água, gás sulfídrico e amônia. Em uma das suas principais fases, os produtos solúveis que já passaram pelo primeiro processo de fermentação são convertidos em produtos mais simples, como ácidos graxos voláteis, alcoóis, ácido lático, gás carbônico, hidrogênio, amônia e sulfeto de hidrogênio, além de novas células bacterianas. Estamos nos referindo ao processo de: