A amostragem deve ser feita utilizando-se frascos de vidro neutro ou plástico autolavável, não tóxico, boca larga e tampa à prova de vazamento.

Para coleta em sistemas de abastecimento de água para consumo humano, deve-se realizar a coleta assim que a torneira for ligada.

Para coleta de amostras de água em poços freáticos com bomba, nunca se deve bombear a água antes da coleta.

O período entre a coleta da amostra e o início das análises bacteriológicas não deve ultrapassar o período de 48 horas.

A coleta de amostras de águas superficiais deve ser realizada sempre próximo às margens, em águas paradas ou da superfície.