A auditoria integral deve cumprir certos princípios, entre eles, destaca-se o princípio da permanência, o qual determina que as tarefas devem ser executadas de forma contínua, a fim de permitir uma supervisão constante das operações em todas as suas fases.

O planejamento da auditoria integral inclui o desenho da metodologia, o esboço preliminar dos programas de auditoria e consiste na etapa em que se determina a configuração da amostra.

A auditoria integral avalia toda a estrutura organizacional da empresa, no entanto, diferentemente das demais auditorias, inicia o estudo e a análise global dos processos a partir das microatividades em vez das macroatividades.

A norma de qualificação do objeto integra o rol de normas disciplinadoras da auditoria integral.

A auditoria integral tem na metodologia GAP (Global Audit Point) o principal instrumento de avaliação da empresa tendo como objetivo principal a economicidade na aplicação dos recursos.