Ao médico, na função de auditor, é facultado realizar anotações no prontuário do paciente, podendo solicitar por escrito, por meio verbal ou digital, ao médico assistente, os esclarecimentos necessários ao exercício de suas atividades.

A fiscalização praticada nos atos médicos pelos auditores do SUS não é disciplinada pelo Conselho Federal de Medicina, mas exclusivamente pelo Sistema Nacional de Auditoria.

Ao médico, na função de auditor, é facultado o acesso a toda e qualquer documentação da instituição que esteja sendo auditada, desde que previamente autorizado por dirigente da instituição.

Caso seja necessário para a instrução do processo de auditoria, o auditor médico pode requerer a retirada temporária de documentos, particularmente os prontuários, laudos e AIHs, que deverão ser restituídas à instituição assim que concluída a fase analítica da auditoria.

Na função de auditor, o médico deverá identificar-se, de forma clara, em todos os seus atos, fazendo constar o número de seu registro no Conselho Regional de Medicina. Deve apresentar-se ao diretor técnico antes de iniciar as atividades.