A auditoria indireta é executada por instituições privadas, ou seja, pelas denominadas empresas de auditoria externa

A auditoria terceirizada está relacionada as atividades executadas diretamente por servidores em exercícios nos órgãos e unidades do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal.

A auditoria compartilhada é a coordenada pelo Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal com o auxílio de órgãos/instituições públicas ou privadas.

A auditoria direta é realizada por meio eletrônico, específico para unidades ou entidades integrantes do SIAFI, cujo custo-benefício não justifica o deslocamento de uma equipe para o local da unidade. Essa forma de execução de auditoria pressupõe a utilização de indicadores de desempenho que fundamentam a opinião do agente executor das ações de controle.

A auditoria simplificada divide-se em centralizada, descentralizada e integrada.