Observando a morfologia de uma mitocôndria é possível identificar duas membranas lipoproteicas. A externa lisa é semelhante às demais membranas celulares; a interna apresenta dobras e pregas, sendo conhecida por cristas mitocondriais, que se projetam para o interior da organela. Considerando que o espaço interno da mitocôndria é preenchido pela matriz mitocondrial, é possível afirmar que nela há: