Entre as Diretrizes da PNM pode-se citar: a adoção de relação de medicamentos essenciais. Não são diretrizes da PNM: a regulamentação sanitária de medicamentos e a promoção da produção de medicamentos.

Com a PNM, o modelo de assistência farmacêutica será reorientado de modo a que se restrinja à aquisição e à distribuição de medicamentos.

Com a PNM, a reorientação do modelo de assistência farmacêutica deverá estar fundamentada: na centralização da gestão; na promoção do uso racional dos medicamentos e na otimização e na eficácia do sistema de distribuição no setor público.

A PNAF deve englobar eixos estratégicos como: utilização da Relação Nacional de Medicamentos Essenciais como instrumento racionalizador das ações no âmbito da assistência farmacêutica.

Não são eixos estratégicos da PNAF a definição e a pactuação de ações intersetoriais que visem à utilização das plantas medicinais, com adoção de políticas de geração de emprego e renda, com qualificação e fixação de produtores.