São competências das Secretarias Municipais de Saúde apontadas pela Portaria nº 1.378, de 9 de julho de 2013, EXCETO:
Ações de vigilância, prevenção e controle das doenças transmissíveis; a vigilância e prevenção das doenças e agravos não-transmissíveis e dos seus fatores de risco; a vigilância de populações expostas aos riscos ambientais em saúde; gestão de sistemas de informação de vigilância em saúde em âmbito municipal que possibilite análises de situação de saúde; ações de vigilância da saúde do trabalhador; ações de promoção em saúde e o controle dos riscos inerentes aos produtos e serviços de interesse à saúde.
Coordenação, monitoramento e avaliação da estratégia de Vigilância em Saúde sentinela em âmbito hospitalar.
Coleta, armazenamento e transporte adequado de amostras laboratoriais para os laboratórios de referência.
Descarte e destinação final dos frascos, seringas e agulhas utilizadas, conforme normas técnicas vigentes.
Coordenação e execução das ações de vacinação integrantes do Programa Nacional de Imunizações, exceto a vacinação de rotina com vacinas obrigatórias; as estratégias especiais como campanhas e vacinações de bloqueio e a notificação e investigação de eventos adversos e óbitos temporalmente associados à vacinação que são de competência do estado.
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