O sistema de controle interno é exercido pelos Tribunais de Contas estaduais e pelo Tribunal de Contas de União enquanto órgão de natureza técnica, que auxilia o Poder Executivo na atividade de fiscalização e controle das contas públicas.

O Tribunal de Contas da União julga as contas do chefe do Poder Executivo, ou seja, do Presidente da República. Tal julgamento se dá após a análise prévia das contas por parte do Congresso Nacional, que emitirá parecer e encaminhará ao Controlador Geral da União.

O sistema de controle interno mantido pelos Poderes Legislativo, Executivo e Judiciário tem por finalidade comprovar a legalidade e avaliar os resultados, quanto à eficiência e eficácia da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos e entidades da Administração Pública.

Os Tribunais de Contas integram o Poder Legislativo e a ele são subordinados, gozando das mesmas garantias do Poder Judiciário, competindo-lhes julgar as contas dos administradores e demais responsáveis por dinheiros, bens e valores públicos da Administração Direta e indireta.