O Banco Central do Brasil estabelece por meio de acordos com os beneficiários, o valor limite por beneficiário, os encargos financeiros e o prazo de reembolso.

O Manual de Crédito Rural define que os beneficiários são aqueles que apresentem projeto técnico ou proposta simplificada exclusivamente para os sistemas agroecológicos de produção.

O PRONAF Agroecologia disponibiliza uma linha para o financiamento de investimentos dos sistemas de produção agroecológicos ou orgânicos, incluindo-se os custos relativos à implantação e manutenção do empreendimento.

O Microcrédito Rural destinado aos agricultores agroecológicos de baixa renda, permite o financiamento das atividades agropecuárias e não agropecuárias, podendo cobrir qualquer demanda que possa gerar renda para a família atendida.

O PRONAF Agroecologia, tem como finalidade beneficiar o pequeno produtor rural, disponibilizando linha de crédito de investimento independente de sua atividade de produção rural.