Caso não tenha sido possível obter os documentos de trânsito a tempo para a viagem, o proprietário dos animais deve enviar um e-mail para o estabelecimento de abate até no máximo 30 minutos horas antes do abate.

Os animais que chegaram ao estabelecimento sem apresentar os documentos de trânsito devem ser conduzidos para o curral de espera e só poderão ser abatidos, quando esses documentos chegarem.

A apresentação dos documentos de trânsito serve apenas para o estabelecimento analisar estatisticamente os dados zootécnicos, econômicos, sanitários e genéticos dos animais que adquiriu para o abate, por esse motivo, caso não tenha sido possível expedir a tempo a guia de trânsito, os animais serão destinados ao curral de matança enquanto aguarda-se a regularização.

Os animais só podem ser abatidos se apresentarem os documentos de trânsito, na ocasião do recebimento e do desembarque dos animais no estabelecimento.

A exigência do documento de trânsito é necessária apenas para suínos, devido ao risco relativo à cisticercose, para os demais animais de produção, a apresentação desse documento é facultativa.