O AEE deve ser organizado em escolas separadas, que podem ser chamadas de escolas especiais, ou especializadas e voltadas apenas para alunos com deficiências específicas. O aluno, nesse tipo de escola, pode cursar o Ensino Infantil e Fundamental, ou seja, substituindo o acesso à escola comum.

Os alunos com deficiência atendidos em escolas separadas da escola normal, ou comum, não necessitam da pluralidade para um adequado desenvolvimento cognitivo. A aprendizagem ocorre da mesma forma em ambientes segregados como nos demais estabelecimentos de ensino. Poupa-se o professor da escola comum de um duplo trabalho pedagógico e destina-se o aluno com ‘deficiência’ a pessoas que sabem cuidar de pessoas especiais. Alunos especiais não terão perdas nesse processo de formação.

O AEE deve ser compreendido como um complemento à educação normal, junto aos demais alunos de uma mesma escola. No contraturno o aluno com dificuldades, necessidades ou “deficiências” recebe um “tratamento” complementar para contribuir com sua aprendizagem, alcançar o mesmo ritmo e resultado dos demais. Isso pode ser efetivado junto aos demais alunos com dinâmicas que envolvam todos os alunos, caracterizando, assim, uma socialização cognitiva.

As escolas “tradicionais” alegam que não estão preparadas para ensinar crianças com “deficiências” justificando, assim, o AEE em outros estabelecimentos de ensino.