embora, no cultivo protegido, não haja remoção dos agrotóxicos do tecido do hospedeiro pela água da chuva, a eficiência dos fungicidas e inseticidas sempre será menor em relação ao cultivo convencional.

a temperatura, a umidade relativa do ar e a água livre na superfície foliar, peculiares ao cultivo protegido, desfavorecem o desenvolvimento de grande número de patógenos, que ocorrem com maior agressividade em condições de campo.

embora o cultivo protegido possibilite exercer algum controle sobre as condições do meio, a maior densidade de plantas comumente usada nesse sistema e a falta de opções comercialmente interessantes para a rotação de culturas são dois fatores limitantes para o manejo de doenças.

do ponto de vista fitossanitário, a escolha do local para a instalação da estufa é muito importante e, por isso, locais de baixada, sujeitos a ocorrência de constantes nevoeiros e acúmulo de massa de ar frio devem ser preferenciais.

cultivares de hortaliças desenvolvidas para cultivo convencional não apresentam diferenças na resistência a um mesmo patógeno, quando em cultivo protegido.