As moléculas do sistema HLA são codificadas no complexo principal de histocompatibilidade, localizado no braço curto do cromossomo 6 humano. Os antígenos HLA de classe I e II estão expressos na superfície celular, apresentando grande polimorfismo genético, e são de extrema importância para a seleção do par doador-receptor de órgãos. Considerando os diferentes genes de cada classe, os genes de maior importância para o transplante, primeiramente tipados em uma análise de compatibilidade pré-transplante são: