Os primeiros anos do século XXI foram marcados por grandes temas como a democratização do acesso à Universidade pública e a autonomia universitária. O Comitê Pró-Cotas foi criado em 2002 e em 2005, foi também criado um sistema de reserva de vagas para alunos oriundos do sistema público de ensino, envolvendo 45% das vagas para todos os cursos, das quais 36,55% para estudantes autodeclarados pretos e pardos. A experiência serviu de modelo e incentivo para diversas outras universidades brasileiras.