Translocação bacteriana pode ocorrer durante um exame de endoscopia em decorrência do trauma da mucosa relacionado ao procedimento. A Sociedade Americana de Endoscopia Gastrointestinal publicou em 2015 um guideline sobre profilaxia antibiótica em procedimentos endoscópicos gastrointestinais. Com base nas orientações desse guideline, é recomendada a profilaxia antibiótica:
