Permitido o uso de inseminação artificial (sêmen preferencialmente advenha de animais de sistemas orgânicos de produção), técnicas de transferência de embrião, fertilização in vitro e indução hormonal artificial.

A iluminação artificial é permitida desde que se garanta um período mínimo de oito horas por dia no escuro; com exceção a fase inicial de criação de pintos, quando a iluminação artificial for a melhor opção como fonte de calor.

O corte de dentes e de ponta de chifres, a castração, o mochamento e as marcações deverão ser efetuados na idade apropriada, visando reduzir processos dolorosos e acelerar o tempo de recuperação, sendo que o uso de anestésicos não precisa ser aprovado pela OAC ou OCS.

Todos os animais oriundos de unidades de produção não orgânicas deverão ser identificados e alojados em ambiente isolado, para evitar a contaminação do sistema orgânico. O período de isolamento será de, no máximo, três meses para ruminantes e equídeos, dois meses para suínos e um mês para aves e coelhos, quando os animais deverão receber o manejo orgânico.