As árvores filogenéticas podem ser construídas a partir de tabelas contendo dados informativos sobre as diferentes espécies de seres vivos. Uma fonte de informações é a molécula de DNA, que possui numerosos nucleotídeos, cada um contendo uma base nitrogenada dentre as quatro a seguir: adenina (A), citosina (C), timina (T) e guanina (G).

A tabela a seguir apresenta 5 regiões do DNA em diferentes versões – f, g, h, i, j – de um gene que resulta na produção da proteína rodopsina 3 (Rh3) na espécie de inseto de Drosophila simulans, importante para a visão deste animal.

(Antonio Solé-Cava, Edson Pereira da Silva e Gisele Lôbo-Hadju.
Evolução, 2010. Adaptado

Pode-se identificar que, por exemplo, na região 1 do gene, as versões f e g apresentam a base nitrogenada timina (T), enquanto as versões h, i e j apresentam citosina (C). Para isto, deve-se considerar que estas bases foram fixadas uma única vez e que versões do gene com bases iguais possuem maior grau de parentesco.

A filogenia que melhor representa a evolução das versões deste gene é: