O tratamento da meningite criptocócica é dividido em três fases: indução, consolidação e manutenção. Dependendo do estado imunológico do paciente e da disponibilidade do medicamento, vários esquemas podem ser adotados. O término da fase de indução e início da fase de consolidação é recomendado somente quando o paciente apresentar cultura para fungos positiva no LCR, após a segunda semana e/ou piora dos sinais clínicos.