A EM trabalha em condições de alto vácuo a fim de manter o sistema hermeticamente fechado, reduzindo as interferências externas na análise da razão massa/carga (m/z) dos íons. Essa característica confere grande robustez e sensibilidade à técnica.

O analisador de massas do tipo Ion Trap possui resolução unitária de massa, mas é capaz de fazer análise sequencial dos íons pela escolha de um íon precursor que será fragmentado, formando íons-fragmento. O analisador do tipo quadrupolo simples não possui essa capacidade de análise sequencial.

O espectrômetro de massas permite a identificação do analito pela sua comparação com bibliotecas espectrais. Essa comparação fornece um índice de similaridade entre o espectro obtido e o espectro da biblioteca; esse índice será avaliado pelo analista.

Um dos métodos de ionização mais utilizados é a ionização por elétrons, que é branda e produz quase sempre o íon molecular do analito ao aplicar uma energia de 70eV sobre ele.

O EM pode ser utilizado em isolado (por injeção direta no equipamento) ou acoplado a técnicas de separação, como os cromatógrafos líquido e a gás. Ao ser injetado, o analito passa pela fonte de ionização, segue para o analisador de massas, que separa os íons de acordo com suas razões massa/carga (m/z), e finalmente captados pelo detector para análise dos resultados.