Dentro da fossa séptica, o esgoto se desloca horizontalmente e com baixa velocidade, nela permanecendo durante um certo período, denominado de tempo de detenção.

Os filtros anaeróbios, assim como os poços sumidouros, recebem a parte líquida do esgoto sanitário, previamente tratado pela fossa séptica.

Uma das funções principais da fossa séptica é purificar os esgotos, reduzindo a sua carga orgânica a um grau de tratamento aceitável em determinadas condições.

Parte dos sólidos não decantados, formados por óleos, graxas, gorduras e outros materiais misturados com gases, são retidos na superfície livre do líquido, no interior da fossa, os quais são denominados de biodecomposição.

As chicanas, responsáveis pelo direcionamento do esgoto ou afluente dentro da fossa séptica, podem ser de madeira ou concreto pré-fabricado, com espessura de 0,05 metros, devendo ser a chicana de entrada sempre maior que a de saída.