Depois de completado o tratamento e no decorrer da investigação de possíveis alterações do trato urinário, a criança deve ser mantida em profilaxia com baixas doses de antibiótico ou quimioterápico, iniciada imediatamente após o término do tratamento erradicador. A finalidade é prevenir recidivas de ITU, eliminando-se um dos principais fatores associados à gênese das lesões adquiridas do parênquima renal. A profilaxia está indicada nas seguinte situação: