Há uma diversidade de agentes antimicrobianos no mercado, muitas vezes forçados pelos próprios laboratórios farmacêuticos a serem utilizados, e até mesmo por grupos de profissionais. Porém, a literatura orienta como selecionar de forma correta os antibióticos para cada caso. Sendo assim, a escolha de um agente antimicrobiano deve ser embasada em três fatores norteadores, que são: