O homem é o principal reservatório, sendo a nasofaringe o local de colonização do microrganismo.

A colonização assintomática da nasofaringe pela N. meningitidis caracteriza o estado de portador que ocorre frequentemente, chegando a ser maior que 10% em determinadas faixas etárias nos períodos endêmicos, podendo o indivíduo albergar o meningococo por período prolongado.

As taxas de incidência de portadores são maiores entre adolescentes e adultos jovens e em camadas socioeconômicas menos privilegiadas.

Modo de transmissão é o contato direto pessoa a pessoa, por meio de secreções respiratórias de pessoas infectadas, assintomáticas ou doentes.

A transmissão por fômites também é importante, acometendo 25 a 30% dos casos.