O EPI tem como finalidade primária a proteção do meio ambiente externo, enquanto o EPC é projetado exclusivamente para a proteção da saúde do trabalhador.

O EPI e o EPC possuem a mesma natureza jurídica e funcional, podendo um substituir o outro conforme a disponibilidade de recursos no laboratório.

O uso de EPC é restrito a laboratórios de NB-1, ao passo que o EPI torna-se obrigatório a partir do NB-4.

O EPI é todo dispositivo de uso pessoal destinado à preservação da integridade física do operador, enquanto o EPC destina-se à proteção do grupo e do ambiente de trabalho.

O EPC é voltado para a guarda de reagentes químicos, enquanto o EPI destina-se apenas à manipulação de microrganismos patogênicos.