Na coloração indireta, deve-se utilizar um mordente, para aumentar a afinidade do corante com a estrutura a ser corada.

Na coloração simples, utilizam-se dois corantes; por exemplo: a hematoxilina e a eosina.

Quando se supercora uma lâmina e, em seguida, se remove o excesso de corante realiza-se uma diferenciação.

A coloração direta é aquela em que não há necessidade de desparafinar a lâmina.