As biópsias incisionais normalmente são indicadas para lesões benignas, enquanto as biópsias excisionais são mais indicadas para lesões com suspeita de natureza maligna.

Quando lesões ulceradas forem submetidas a biópsias incisionais, é desejável que sejam incluídas regiões adjacentes com aspecto clínico de normalidade, facilitando a visualização da borda da úlcera.

As biópsias de úlceras devem incluir regiões necróticas, como a base dessas úlceras, para facilitar a formulação de um diagnóstico histopatológico mais detalhado.

Dentre as contraindicações para a realização de biópsias, pode-se citar sua utilização para o diagnóstico clínico de líquen plano e reações liquenoides, pois podem exacerbar a condição.

Devido ao seu alto índice de displasia severa e alto risco de transformação maligna, as lesões brancas que exibem aparência não homogênea não devem ser incluídas na região biopsiada.