A EMTr não está associada com efeitos colaterais cognitivos.

A terapia de EMTr é contraindicada para pessoas com implantes metálicos ou objetos metálicos não removíveis na ou em torno da cabeça.

Como os campos magnéticos não são afetados pela impedância elétrica do couro cabeludo e do crânio, a EMTr permite a estimulação focal de áreas menores do cérebro do que se pode atingir com outros aparelhos não invasivos de estimulação elétrica.

O procedimento de EMTr não é convulsivante e não requer anestesia, apenas sedação leve do paciente.

O risco mais grave conhecido da EMT é uma convulsão não intencional.