O farmacêutico hospitalar tem suas funções restritas ao fornecimento dos produtos farmacêuticos acabados e ao controle dos psicotrópicos e entorpecentes.

A farmácia hospitalar deve estar hierarquicamente ligada aos serviços de administração de materiais e patrimônio.

Em hospitais com 100 leitos ou mais, é obrigatória a instalação do Centro de Informações sobre Medicamentos (CIM) em local independente e de fácil acesso, com a designação de um farmacêutico e uma secretária em tempo integral.

A Comissão de Farmácia e Terapêutica (CFT) tem por objetivo selecionar medicamentos a serem utilizados no sistema de saúde, além de assessorar a diretoria clínica na formulação de diretrizes para a seleção, padronização, prescrição, aquisição, distribuição e uso de medicamentos.