A universidade é uma instituição social, científica e educativa, cuja identidade
está fundada em princípios, valores, regras e formas de organização que lhe
são inerentes. Seu reconhecimento e sua legitimidade social vinculam-se,
historicamente, à sua capacidade autônoma de lidar com as idéias, buscar o saber,
descobrir e inventar o conhecimento. (CATANI; OLIVEIRA, 1999, p. 186).

Embora a Constituição Federal conceda às universidades autonomia didático-científica, administrativa e financeira, a dependência das instituições federais de ensino superior no que se refere à liberação de recursos orçamentários do Ministério da Educação limita bastante essa autonomia, sendo uma antiga reivindicação das IFES a vinculação direta dos recursos às universidades, como ocorre com as três universidades estaduais paulistas.