O ácido peracético promove a desnaturação de proteínas, alteração da parede celular, oxidação de ligações sulfidrilas e sulfúricas de proteínas.

O ácido peracético promove a produção de radicais livres de hidroxil, os quais atacam os lipídeos de membranas, o DNA e outros componentes celulares.

O ácido peracético promove a alquilação de grupos sulfidrilas e amino de proteínas e do anel contendo nitrogênio das bases purínicas.

O ácido peracético promove a inativação de enzimas produtoras de energia, desnaturação de proteínas celulares essenciais e metilação de polipetídeos.