A maioria dos meios de inclusão usados em microscopia eletrônica não é miscível em água, tornando-se necessário retirar toda a água da amostra biológica. Para isso, na técnica padrão de desidratação, é usado um agente desidratante em banhos sucessivos para que ocorra a retirada progressiva da água da amostra biológica. Dentre os agentes desidratados, os mais utilizados são o etanol e a acetona. Nesse caso, os banhos sucessivos com essas substâncias seguem, em %, a seguinte concentração: